La 1728, contele Claudius Mercy dispune săparea unui canal care să contribuie la asanarea terenurilor inundabile din jurul Timișoarei. Atunci începe canalizarea râului Bega (Begheului) în amonte de Timișoara, până la Făget. Patru ani mai târziu, în 1732, pe noul canal, circulă primul vas până la Pancevo.
La 3 mai 1910 este pusă în funcțiune Centrala hidroelectrică din cartierul Fabric din Timișoara. Aceasta utilizează energia apelor Canalului Bega pentru producerea de curent electric. Este una dintre cele mai vechi hidrocentrale din România. În 1912, o serie de inundații lovesc din nou Banatul. Tot în acest an, în Portul Timișoara, sunt încărcate 415.000 chintale marfă, dintre care 310.000 de chintale reprezintă grâu și făină, și descărcate circa 200.000 chintale de marfă. În 1917, pe canalul Bega sunt înregistrare 563 ambarcațiuni comerciale, care navighează timp de 305 zile pe an.
În anul 1937, se înființează Oficiul de port Otelec. Între anii 1937 - 1938, volumul de mărfuri transportate ajunge la un maxim de 250.000 tone/an. Transportul de pasageri pe Bega cunoaște un vârf de circa 500.000 pasageri în anul 1944.
În 1945 sunt scoase din albia canalului podurile din Timișoara și Otelec, distruse de bombardamentele din timpul celui de-Al Doilea Război Mondial. Traficul suferă grav din cauza războiului, iar în 1958, transportul de mărfuri încetează.
În 1967 sunt retrase și navele de pasageri. Totuși, în registrele Căpităniei Portului Timișoara din anul 1986 sunt înmatriculate 20 de vase funcționale pe Canalul Bega.
Redeschiderea canalului revine în discuție imediat după 1990 însă autoritățile nu dispun de fondurile necesare pentru dragarea canalului și redeschiderea navigației. În anul 2005, au loc inundații catastrofale în întreg bazinul hidrografic Timiș - Bega. La sfârșitul anului 2008, încep lucrările de dragare și ecologizare a Canalului Bega.
În prezent, Canalul Bega a redevenit navigabil fiind reamenajat în baza proiectului transfrontalier Repararea infrastructurii de navigație pe Canalul Bega, având o lungime totală de 114,5 kilometri, pe teritoriul Serbiei racordându-se cu sistemul de navigație Tisa-Dunăre, iar mai departe, prin canalul Dunăre-Main-Rin, putându-se ajunge până la Marea Nordului. Cu toate acestea, navigația pe Bega este posibilă doar până la Sânmihaiu Român.